游戏开始时，玩家需要在小田卷博士的研究所选择性别和名字，随后调整时钟时间并下楼与母亲对话。前往邻居家二楼调查怪兽球触发剧情，对手小遥出现并展开战斗，对手精灵为Lv.2蛇纹熊。战斗胜利后返回研究所获得初始精灵，随后需前往幻影之森寻找小遥，遭遇假扮小遥的佐罗亚并将其击败后收服。对手会再次挑战，使用Lv.5属性相反的精灵，战斗胜利后回到研究所获得图鉴和精灵球，母亲会赠送跑步鞋以便快速移动。
离开老家后，玩家可前往橙华市，途中草丛可能遇到小火龙、小火鸡等御三家精灵。抵达橙华市后前往道馆与父亲对话，期间小光会索要精灵并触发捕捉教学。随后向左进入橙华森林，遭遇水舰队小兵并击败Lv.9土狼犬，获得超级球。继续前进至卡那兹市，在花店领取吼吼鲸喷壶后挑战岩石系道馆。馆主精灵包括Lv.15大岩蛇和Lv.18由基拉，胜利后获得岩石徽章。离开道馆时发现水舰队成员抢走包裹，需前往附近洞穴击败Lv.11土狼犬夺回物品。
完成卡那兹市剧情后，玩家需前往武斗市挑战格斗系道馆。在武斗市洞穴深处找到大吾并交付信件，获得里奥鲁的精灵蛋。返回卡那兹市从社长处领取学习装置，随后乘船前往凯那市。在凯那市博物馆二楼触发水舰队战斗，胜利后获得道具探测仪。继续前进至紫堇市，在右侧获取秘传技碎岩，并在自行车店领取音速自行车。紫堇市道馆门前会与小光对战，胜利后进入电系道馆挑战馆主。
后期剧情包括前往流星瀑布触发火岩队事件，击败首领后取得陨石并交给冬雪镇研究员。随后进入釜炎镇挑战火系道馆，馆主精灵为Lv.24戴鲁比和Lv.31煤炭龟。胜利后获得护眼罩，可进入沙漠探索幻影塔获取化石。游戏还包含反转世界剧情，需在送神火山顶层墓碑处进入，遭遇盖诺塞克特并完成相关战斗。最终玩家需挑战联盟冠军，击败四大天王后通关一周目。
二周目内容围绕梦世界展开，玩家需前往世界狭缝挑战小智和火箭队，精灵等级均为Lv.100。在梦源镇最下方房屋睡觉可触发克雷赛利亚捕捉剧情，红莲之窟深处可捕捉维库提尼。三周目回归主线后，玩家可前往橙华森林中部捕捉Lv.30雪拉比，并继续探索隐藏神兽位置。
