万国觉醒中取下旗帜分为两种完全独立的执行路径，己方联盟旗帜由联盟管理层通过领土界面直接拆除，敌方旗帜只能依靠部队进攻直至耐久归零完成移除。
己方联盟旗帜的取下操作存在严格权限限制，仅盟主与R4等级官员具备操作资格，普通联盟成员无法发起拆除指令。管理层打开联盟面板后切换至领土分页，地图上选中需要取下的己方旗帜，界面会弹出拆除确认弹窗，确认后旗帜会立刻从地图消失。该操作不会返还建造旗帜时消耗的联盟资源与积分，同时会断开该旗帜延伸出的所有领土链路，周边原本受联盟领土增益覆盖的资源点会直接失去采集加成。若拆除的旗帜处于整条领土线路的中间节点，后方所有相连旗帜会同步失效，管理层执行前需要缩放完整地图确认领土布局，避免核心资源区域失去保护。部分联盟会选择先移动要塞重构领土路线再拆除边缘旗帜，以此降低战略布局的损耗。
敌对联盟旗帜无法通过界面指令直接取下，完整流程需要先侦察再持续攻坚。点击目标敌方旗帜选择侦察功能，等待侦察报告推送至游戏邮件，确认旗帜驻守兵力、周边敌方城池与援军行军路线，若驻守兵力规模超出可承受范围，应当发起联盟集结降低战损。确认进攻后点击旗帜选择攻击，系统弹出战争狂热状态提示，确认派遣部队抵达目标后会触发首轮战斗，击败驻守军队后旗帜进入燃烧状态，基础耐久数值为2400点。燃烧阶段敌方可派遣部队抵达旗帜执行修复操作，快速恢复耐久数值，一旦耐久回满则拆除进度直接清零。想要稳定取下敌方旗帜，需要安排多支部队轮流发起攻击，同时调配野战部队封锁周边道路拦截修复援军，联盟科技内的燃烧速度加成可以减少完整拆除所需的部队进攻次数。
还有两类容易被忽略的特殊旗帜移除场景，处于建造流程中的己方旗帜，管理层可在领土建造界面取消施工，但已经投入的资源不会退回；当敌方联盟要塞被攻陷后，所有与要塞直接相连的附属旗帜会进入倒计时，倒计时结束后自动从地图移除，无需额外派兵进攻。失落之地地图内的远征旗帜遵循敌方旗帜的拆除规则，但战斗重伤部队留存比例更低，攻坚前建议搭配高防御统帅减少兵力损耗。日常领土规划时尽量避免频繁取下己方旗帜，反复调整领土会持续消耗联盟储备资源，大幅放缓联盟整体扩张节奏。
