抵达三之岛需要先解锁三岛通行证，从一之岛码头乘船即可直达，完整通行流程需要完成前置主线、二之岛支线、岛上清敌、绊桥行进、树果森林寻人五步连贯操作，全程需携带居合斩秘传机，主力宝可梦等级推荐38级以上，同时沿路可收集大量树果、战斗道具与训练师对战资源。
想要开启前往三之岛的航线，首先要推进关东主线流程，击败红莲岛道馆馆主后在红莲岛精灵中心与正辉对话，跟随正辉前往枯叶市码头乘船抵达一之岛，进入岛屿的宝可梦网络中心和研究员锦辉对话，领取三岛通行证与陨石道具，解锁一、二、三岛互通的轮渡航线。拿到通行证后先坐船前往二之岛，在游戏厅区域找到焦急的男性NPC，接下寻找失踪女儿小迷的委托，对话结束后直接前往码头选择三之岛航线，下船后会发现城镇北侧道路被四名暴走族连续阻拦，这四场对战无法中途恢复宝可梦状态，对手宝可梦以瓦斯弹、臭泥、双弹瓦斯、臭臭泥为主，等级集中在37至39级，携带地面、超能系招式的宝可梦能快速通关，全部击败暴走族后，岛上居民会赠送万灵药，同时解锁城镇全部道路，城镇右上角使用居合斩砍断小树，可拾取营养药剂，城镇商店能购买高级球、高级伤药、复活道具、最大驱虫剂等实用物资，提前补给能大幅降低后续探索损耗。
清理完暴走族后从城镇西侧出口出发，沿台阶向上抵达绊桥区域，整条绊桥分布多名训练师，包含双胞胎、芳香训练师、垂钓者等不同类型对手，沿路地面可拾取珍珠、黄金喷雾器，桥面分支小路使用居合斩清理灌木后能找到PP提升剂，走完绊桥后抵达树果森林入口，这片森林植被茂密，大量灌木需要居合斩清除才能通行，林间水塘可借助冲浪抵达隐藏区域，散落十六种不同功效的树果，还有全复药、最大全效药剂等稀有补给，林间草丛能遇见尾立等野生宝可梦，探索时建议搭配驱虫剂减少随机遇敌，节省赶路时间，沿着森林西北方向持续前进，就能找到被素利柏围困的小迷。
靠近小迷后会自动触发对战，对手是37级素利柏，超能系招式对格斗、虫、恶系宝可梦效果薄弱，使用对应属性输出可快速结束战斗，对战胜利后小迷会赠送伊帕帕树果，剧情动画结束后会自动传送回二之岛，找到小迷父亲交付陨石完成支线，可领取月之石奖励，月之石能够进化尼多王、尼多后、皮皮等宝可梦，完成这段主线后返回一之岛交付陨石，还能解锁彩虹通行证，开启四至七岛的探索权限。若想要重复返回三之岛收集剩余道具，可任意岛屿码头选择轮渡航线，树果森林内部还有多处隐藏道具点位，全部搜刮完毕能大幅丰富培育宝可梦所需的资源储备，绊桥所有训练师重复对战还能稳定刷取金币，适合用来购置高级捕捉道具。
