少年三国志2过关斩将存在多处隐藏关卡，需要完成特定前置条件、触发地图机关或是探索地图盲区才能够解锁，不会在主线推进过程中自动弹出，不少游玩者快速推图会直接错过这部分内容，隐藏关卡能够产出声望、神器碎片、高级雕纹以及稀有养成道具，是提升队伍实力不可忽视的资源渠道。
过关斩将的隐藏关卡主要分布在各主要关隘的支线地图当中，常规通关只需要打通主线战斗点位即可，想要解锁隐藏关卡，不能只沿着系统标记的主线路径前进，需要拖动视角查看地图边角，留意树丛、帐篷后方、传送光圈周边的可交互物件。部分隐藏关卡需要先清理对应区域的全部敌方单位，再踩下地图上不起眼的机关，才会开辟出新的通路；还有一部分需要完成NPC对话交互，跳过对话直接战斗会直接锁死隐藏入口，即便主线已经通关，也无法再次触发该部分隐藏战斗。部分关隘拥有多组传送阵，相同颜色传送阵互相连通，部分隐藏关卡的入口就藏在次要传送阵抵达的偏僻区域，只走主线绿色传送光圈会完全看不到该区域。
解锁隐藏关卡之后，战斗难度会高于同章节普通关卡，敌方阵容会搭配更多控制与续航武将，不能照搬普通关卡的自动战斗思路。上阵阵容优先选择具备群体输出能力的武将清理杂兵，前排放置高坦度角色承担伤害，后排搭配治疗单位维持队伍血线，合理利用过关斩将玩法内获取的临时技能点，优先点攻击、伤害加成属性，补足输出缺口，临时技能点每周会重置，解锁隐藏关卡前务必完成加点，提升战斗容错率。遇到战力差距较大的隐藏关卡，不需要强行反复挑战，可以先完成每日常规挑战积攒资源提升武将实力，后续再来回头攻克，隐藏关卡不会随每日刷新重置，解锁状态会一直保留。
完成隐藏关卡战斗之后，除了直接掉落的道具，还会解锁额外的宝箱点位，宝箱内包含声望、神兵令牌、培养丹等珍贵物资，声望可以在商店兑换神器碎片、天罡百炼石等稀缺养成材料，对于神兵系统的养成帮助很大。需要注意，部分地图隐藏宝箱与隐藏关卡相互绑定，不打通隐藏关卡就无法开启对应宝箱，快速扫荡功能不会触发任何隐藏关卡与隐藏宝箱，想要拿满全部奖励，必须手动进入地图完成探索，扫荡只会结算主线通关奖励。如果出现机关触发错误导致隐藏关卡无法调出，可以退出当前关隘重新进入重置地图状态，重新按照条件进行触发即可。
