指挥官系统是游戏核心玩法之一，解锁指挥官需要完成特定主线任务。玩家必须首先完成第二场梦系列任务，这是解锁指挥官控制权的基础条件。该任务会引导玩家逐步了解Tenno起源和战甲背后的真相，最终获得操控指挥官的能力。完成此任务后，指挥官功能将出现在轨道飞行器的传识之间，玩家可在此查看与指挥官相关的各项设定。
完成第二场梦后，玩家需要继续推进内战任务线才能真正自由操控指挥官。在内战任务期间，指挥官将获得基础移动能力，包括行走、跳跃等动作，但功能仍有限制。任务完成后，按键盘数字键5即可随时切换指挥官形态。需指挥官初始状态仅具备基本移动功能，更多能力需要通过后续专精系统解锁。
专精系统分为五个流派，每个流派提供不同的主动和被动技能。玩家需要通过完成任务获取专精点数，并在传识之间分配这些点数来强化指挥官能力。专精流派的选择会影响指挥官在战斗中的定位，建议根据个人玩法风格进行针对性培养。指挥官等级提升后，可解锁虚空射线等特殊攻击方式。
指挥官在实战中主要承担辅助角色，其虚空模式可提供无敌状态，适合用于紧急规避或复活队友。与战甲配合使用时，指挥官能触发特殊的传识联动效果，例如瞬间恢复战甲能量或重置技能冷却。在开放世界区域，指挥官可独立完成钓鱼、采矿等采集活动。熟练掌握指挥官与战甲的快速切换技巧，能显著提升战斗效率和生存能力。
指挥官外观自定义是游戏的重要玩法维度。玩家可在传识之间使用各种装饰品、面部特征和服装来个性化指挥官形象。部分外观物品需要通过特定任务或活动获取，也有部分可在游戏商城直接购买。外观改动不会影响指挥官的实际能力数值，纯粹用于视觉呈现。游戏进程推进，指挥官可获得更多装饰选项。
指挥官系统的深度开发需要长期投入。建议玩家优先完成所有主线任务以解锁完整功能，然后根据专精流派规划培养路线。日常任务和突击任务是获取专精点数的稳定来源。指挥官能力的提升将显著改变游戏体验，使玩家在高级任务中获得更多战术选择。该系统与战甲养成相辅相成，共同构成星际战甲的核心玩法体系。
