种子是农场经营的核心资源，主要通过皮埃尔杂货店购买获得。该商店位于鹈鹕镇中心区域，营业时间为上午9点至下午5点，周三休息。店内提供季节性作物种子，包括春季的花椰菜、夏季的蓝莓、秋季的蔓越莓等基础作物，价格从20金币到240金币不等。玩家需注意不同季节的种子库存会变化，冬季仅出售冬季野生物种。商店还出售草坪装饰、树苗等特殊商品，但需完成社区中心或乔家超市任务线后才能解锁部分高级种子。
旅行货车是另一个重要的种子获取渠道，每周五和周日出现在煤矿森林西侧。这里的商品具有随机性，可能以600-1000金币的价格出售稀有种子，或出现常规商店没有的特殊种子。需要注意的是旅行货车商品价格浮动较大，且库存每日刷新，建议定期查看。某些特殊种子如远古种子，也可能通过钓鱼宝箱或种子生产器获得，但概率较低。种子生产器可将特定野外作物转化为对应种子，例如山葵可转化为春季种子。
沙漠绿洲商店提供独特的沙漠作物种子，需修复巴士站后才能到达。桑迪经营的这家商店出售杨桃种子，单价400金币，是夏季高价值作物。姜岛商人处可获取热带作物种子，但需要先完成社区中心或乔家超市任务线开启姜岛剧情。部分特殊种子如宝石甜莓种子，仅能通过完成秘密笔记任务或特定节日活动获得。种子获取途径的多样性直接影响农场经营策略，建议根据当前资金状况和季节特点合理规划采购。
野生种子通过觅食活动获得，分为春夏秋冬四种类型。春季种子需要采集野山葵、蒲公英等物品合成，夏季种子需收集葡萄、甜豌豆等材料。这些种子不需要购买，但生长周期较长且收益较低，适合作为补充种植。古物捐赠是获取种子的间接方式，向博物馆捐赠特定古物后，可能会解锁种子配方奖励。某些鱼类如木跃鱼，在放入鱼塘养殖后也有概率产出种子类物品。
种子存储和使用需注意时效性，过季种子将无法种植。建议在季节更替前计算好作物生长周期，避免浪费。高级生长激素可以缩短作物成熟时间，但需要达到较高的耕种等级才能制作。稻草人的保护范围是以自身为中心17×17格的正方形区域，合理布置能有效防止乌鸦破坏种子。温室是突破季节限制的特殊建筑，修复后可在任何季节种植任意作物，但需要完成特定的社区中心收集包。
游戏后期的种子管理更注重效率优化。自动采集器能自动收获作物但不会保留种子，需要额外配置种子生产设备。果树种子需直接种植在耕地外，需要保持周边8格范围内无杂物。传送塔等设施可以快速到达种子商店，节省日常运营时间。酿酒和腌制品加工设备会影响种子使用策略，高价值作物通常优先用于加工而非留种。合理规划种子来源和使用方式，是建立高效农场经济体系的基础条件。
