湖泊船只的移动受限是常见问题，因为湖泊属于封闭水域，与海洋或沿海水域无直接连接。要让湖中的船进入开放海域，必须通过特定方式打通水路通道。最直接的方法是建造运河区域，当湖泊与海洋或沿海水域之间仅隔1-2格陆地时，可在陆地格建造运河，船只即可通过运河进出湖泊。运河需解锁蒸汽动力科技，且地形需满足平坦或丘陵条件，避免被山脉或自然奇观阻挡。
另一种解决方案是利用城市节点功能。若湖泊边缘与沿海水域相邻，可在交界处建立城市。城市本身具有连接水域的特性，湖中船只可通过城市地块进入海洋。此方法需提前规划城市选址，确保湖泊与海洋之间存在可建城的地块。需城市建成后无法调整位置，因此需在游戏早期布局时优先考虑水域连通性。
部分科技和水利工程可能间接改变地形连通性，例如炸开山脉或改造海岸线等机制，但这类方法依赖特定科技树和随机地形条件，成功率较低。更稳妥的策略是在研发科技时优先选择蒸汽动力和天文导航，前者解锁运河，后者提升港口效率。避免在完全封闭的湖泊中建造高价值军舰，除非已确保后期能通过运河或城市连通水域。
若船只已被困在湖泊且无法建造运河，可尝试通过外交手段解决。将包含湖泊的城市卖给其他文明，船只会被强制弹出至对方边境外的开放水域。此方法存在风险，需确保目标文明与玩家关系友好且拥有海岸城市。海军统帅单位可通过港口传送，若湖中有港口，可将其传送至其他港口；若无港口，则只能通过拆除建筑腾出空间建造新港口。
优先选择靠近海岸的湖泊建城，预留运河建造空间，并谨慎投资封闭水域的海军单位。若问题已发生，需根据地形和游戏进度选择运河、城市调整或外交手段解决。
