少年三国志的本体主角无法直接移除上阵位置，依靠化身系统实现的主角更换模式，普遍存在阵营羁绊断裂、养成资源无法完整迁移、化身道具获取门槛失衡、属性继承规则模糊以及跨流派转型适配性差等多类问题，也是大部分玩家调整阵容时最容易踩坑的核心症结。
主角本身固定占用上阵格子，不存在彻底替换为其他武将的途径，所有形式的更换都只能依托化身符完成形态与技能的变更，这种机制首先会造成阵营羁绊的不稳定。整套武将的合击效果、阵营专属的属性加成，大多判定武将本身的固定身份，即便主角化身成对应国家的武将，系统大多不会识别其为本阵营角色，原本凑齐的国家羁绊会直接失效，很多玩家更换主角化身之后，整体战力不但没有提升，反而因为羁绊缺失出现明显下滑，想要重新凑齐完整的羁绊组合，还要额外搭配多余的同阵营武将，挤占阵容的搭配空间，压缩战术调整的余地。
主角前期投入的时装、附灵、神兵挂载、灵阵培养等养成内容，在更换化身之后无法实现灵活适配，大量养成资源容易出现闲置浪费的情况。时装带来的属性加成固定绑定主角本体，并不会跟随化身的武将特性做出调整，法系的化身搭配物理系时装，或是输出类化身穿戴防御向的外观道具，都会造成属性收益大打折扣。同时八卦镜这类武将转换功能，仅针对常规上阵武将生效，完全不适用于主角，想要更改主角的攻击类型，只能选择更改性别，操作还会消耗固定数量的元宝，并且无法同步适配已经成型的兵符、战兽等配套养成体系，每次更换调整，都需要花费大量精力重新打磨配套的养成细节。
用于主角更换的化身符存在明显的品质差距，高品质的金色、红色化身符产出渠道极少，仅能依靠限定商店缓慢兑换，普通品质的橙色、紫色化身技能效果薄弱，更换之后很难起到实质性的补强作用。即便成功获取对应化身符，化身只能继承武将的部分核心技能，武将自带的潜能、合击被动以及专属的天赋效果都无法生效，很多玩家花费资源集齐稀有化身，实战中却达不到对应原版武将的强度，而且频繁来回切换不同的化身，还会导致化身图鉴的激活进度断断续续，图鉴带来的永久属性加成难以快速集齐，拉长了阵容成型的周期。
跨阵营调整阵容时，主角更换的缺陷会被进一步放大，一旦整体阵容想要切换魏蜀吴或是群雄的派系，主角没有对应的转换渠道，只能长期选用折中风格的化身，既没法完美契合新阵营的打法，又不能沿用之前的养成思路。不少玩家为了适配新阵容反复更换化身，不断消耗军团功勋、商店兑换材料去获取不同的化身道具，造成各类流通资源持续消耗，阵容还始终达不到稳定的状态，尤其是竞技场、军团副本这类高强度的玩法里，主角频繁更换带来的技能衔接断层，会直接影响队伍的循环节奏，很难打出稳定的战斗表现。
