蛋仔派对恐怖学校地图里的谜题大多埋藏在场景细节之中，整体分为道具连锁解谜、数字密码解谜、场景互动机关解谜、规则怪谈谜题四类，大部分玩家容易忽略场景中的隐藏线索，只会被动跟着剧情推进，掌握全部谜题机制之后，单人通关的成功率会大幅提升。整张地图没有直白的文字提示，所有线索全部隐藏在桌椅、垃圾袋、窗台、书柜、隔间内部等隐蔽位置，谜题环环相扣，需要按照固定顺序拾取道具，一旦拾取顺序出错，后续机关就会永久锁死，这也是很多玩家中途卡关的主要原因。开局阶段的叠箱翻窗谜题是整张地图第一个趣味机关，走廊中散落的可搬运箱子不能随意丢弃，需要集齐三到四个箱子堆叠至窗台高度，翻越封闭的教室窗户，这间教室内部藏着书柜机关，靠近书柜跳跃触碰书柜的凸起位置，书柜会自动偏移，书柜后方的暗格中存放着一楼卫生间钥匙，很多玩家只会搜寻地面道具，不会尝试和书柜这类静态场景进行互动，会直接卡在开局环节。
楼层之间分布着硬币收集谜题，也是整张地图设计最巧妙的内容，一楼走廊中段会触发NPC任务，需要集齐五枚散落的硬币才会解锁逃生通道，硬币的分布没有任何文字标注，第一枚硬币藏在一号教室讲台的储物柜当中，第二枚硬币放置在教室后排靠窗的课桌表面，这张课桌下方还隐藏着三楼钥匙，拿到钥匙前往三楼之后，三楼第二个卫生间隔间内可以找到第三枚硬币以及三二班教室钥匙，进入三二班教室，讲台下方能够找到第四枚硬币，教室角落上锁的柜子里存放着最后一枚硬币，收集硬币的过程中存在隐性规则，全程不能触碰走廊游荡的人形NPC，一旦发生触碰，所有已经收集的硬币会全部清零，谜题需要重新破解，多人组队游玩时可以安排一名玩家吸引NPC走位，其余玩家快速拾取道具，大幅缩短解谜耗时。
日记拼凑密码谜题属于后期核心解谜内容，整张地图一共散落五本分段日记，日记不会一次性全部刷新，必须按照固定顺序依次拾取才会解锁下一处日记点位，第一本日记藏在一楼102教室后门的角落位置，第二本日记需要用走廊捡到的篮球砸碎封闭教室的玻璃，进入房间之后在地面拾取，第三本日记需要利用课桌堆叠高度跳到灰色储物柜上方获取，第四本日记放置在二楼201教室的讲台上，最后一本日记位于一楼104教室的地面之上，集齐全部日记之后，文字内容会拼接出大门的数字密码，这个谜题的趣味点在于日记的刷新机制，如果跳过点位提前拾取后续日记，密码将永远不会弹出，不少玩家通关数十次都不清楚密码的触发逻辑。除此之外地图中还有缩小药剂机关谜题，在二楼房间内可以拾取缩小药水，体型缩小之后能够钻进储物柜的缝隙、下水道通道、洗手台后方的暗格，暗格内部藏着铁门锁链钥匙，拿到钥匙后需要躲避书本地面陷阱，连续完成跳扑动作破解锁链机关，机关开启之后会触发追逐机制，需要利用走廊拐角不断绕路，利用墙体阻挡怪物的追踪视野。
除了主线解谜之外，地图还埋藏着不少支线隐藏谜题，在食堂区域存在选择谜题，进入食堂之后不要和场内NPC进行对话，前往四号窗口推开铁丝网触发点餐剧情，菜品出现之后必须选择丢弃菜品，一旦选择食用菜品，后续消防通道的机关会直接封锁，无法拿到通往下一层的钥匙。消防通道内部还有隐形激光谜题，激光不会显示任何实体特效，触碰之后会被传送回上一个点位，需要沿着墙体边缘小幅跳跃前进，避开隐形激光的判定区域。宿舍区域的挂画谜题同样极具特色，墙面三幅挂画分别标注了字母与数字组合，将字符整合之后输入消防通道的密码锁，就可以拿到地窖钥匙，这条支线谜题可以解锁隐藏结局，常规速通的玩法几乎不会触碰这条解谜线路。恐怖学校的所有谜题全部依托场景细节设计，没有强行设置高难度操作门槛，熟练记住各个谜题的触发条件和道具点位之后，既可以速通主线，也可以解锁隐藏的剧情分支。
